En fait j'ai repensé à ta question à tête reposée (comprendre : aux chiottes (c'est là où on réfléchit le mieux)), et je me souviens avoir utilisé à l'époque une sorte de frontend pas très poussé visuellement parlant, mais qui était plutôt efficace question gestion des roms.
De mémoire ça s'appelait Emubase, ou EmuDataBase, ou un truc du genre.
Edit : recherche faite, c'est
EmuStation. Je viens de récupérer la version 3.0, et c'est toujours pas très beau mais ça a l'air (pas eu le temps de tester) aussi simple d'utilisation qu'avant. Reste à voir la compatibilité du truc avec les émulateurs que tu veux.
Sinon y'a le frontend d'Aldo, GoEmu, mais ça gère que MAME + Nebula et les émulateurs Super NES, Megadrive (Gens en l'occurence, et pas KEGA hélas), N64 (que Project 64), NES et Game Boy /Advance (VBA).
Tant qu'à poursuivre les recherches, j'ai aussi découvert GameBase et QuickPlay. Je n'ai essayé aucun des deux.